Ở Bắc Hà, Chúa Trịnh đã sụp đổ, vua Lê Chiêu Thống nắm được quyền bính, nhưng vị vua này không có tài và tính quyết đoán, triều đình lúc bấy giờ không ai là người có năng lực: hễ thấy có giặc thì bỏ chạy, giặc đi rồi thì kéo nhau ra bàn ngược bàn xuôi, người thì định lập lại nghiệp chúa, kẻ thì muốn tôn phù nhà vua. Lại có dòng dõi họ Trịnh là Trịnh Lệ và Trịnh Bồng chia đảng ra đánh nhau để tranh quyền. Vua Chiêu Thống bất đắc dĩ phải phong cho Trịnh Bồng làm Án Đô Vương, lập lại phủ Chúa. Đảng họ Trịnh lại toan đường hiếp chế nhà vua, vua Chiêu Thống phải xuống mật chiếu vời Nguyễn Hữu Chỉnh, lúc ấy đã nắm binh quyền ở Nghệ An ra giúp. Nguyễn Hữu Chỉnh kéo quân từ Nghệ An ra đánh bại Trịnh Bồng, Trịnh Bồng thua chạy, mấy lần nữa khởi binh vẫn thua, rốt cuộc đi tu, sự nghiệp Chúa Trịnh chấm dứt từ đây. Vua Lê Chiêu Thống phong Nguyễn Hữu Chỉnh chức Đại tư đồ Bằng trung công, Hữu Chỉnh tự quyết đoán mọi việc.[65] Nắm được uy quyền cao ở triều đình, Nguyễn Hữu Chỉnh tỏ ra chuyên quyền, muốn chống lại Tây Sơn.

Tại Đàng Trong, giữa năm 1787, do 2 anh em Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ đánh nhau, Nguyễn Lữ lại bất tài nên mặt phía Nam của Tây Sơn suy yếu. Nguyễn Ánh từ Xiêm quay trở lại Gia Định. Nguyễn Lữ sợ, bỏ Phạm Văn Tham ở lại giữ Sài Gòn, còn ông giữ Biên Hòa. Nguyễn Ánh làm giả một bức thư của Nguyễn Nhạc gửi cho Nguyễn Lữ, nội dung là lệnh giết Phạm Văn Tham, rồi giả vờ gửi cho Tham. Tham liền kéo quân đến phân trần với Lữ, Lữ tưởng lầm Tham đã đầu hàng kéo quân đánh mình, liền rút về Quy Nhơn, sau đó chết vì bệnh. Nguyễn Ánh chiếm được Gia Định, quân Tây Sơn do Phạm Văn Tham chỉ huy đóng ở Ba Thắc.(xem thêm bài Nguyễn Lữ).[66]

Trước tình hình Nam, Bắc đều có biến, Nguyễn Huệ quyết định giải quyết vấn đề phía bắc trước. Ông liền phái Vũ Văn Nhậm, con rể của Nguyễn Nhạc, ra tiêu diệt Nguyễn Hữu Chỉnh. Vũ Văn Nhậm đánh bại Nguyễn Hữu Chỉnh, khiến Chỉnh và hoàng gia họ Lê phải chạy trốn khỏi kinh thành. Sau đó Hữu Chỉnh bị Vũ Văn Nhậm bắt và giết chết, vua Lê Chiêu Thống tìm cách khôi phục nhưng đều không có kết quả. Tháng 4 năm 1788, Lê Chiêu Thống đã bỏ kinh đô, chạy sang lưu vong bên Trung Quốc. Vũ Văn Nhậm bèn lập chú Chiêu Thống là Sùng nhượng công Lê Duy Cận làm giám quốc, bây giờ trong cung chỉ có vài hoàng thân và võ tướng, không ai tâu bày việc gì cả, mọi việc do Vũ Văn Nhậm quyết định. Đến lượt Vũ Văn Nhậm tỏ ra chuyên quyền và có ý chống lại quân Tây Sơn.[67]

Trước đây Nguyễn Huệ sai Vũ Văn Nhậm ra đánh Nguyễn Hữu Chỉnh thì đã có lòng nghi Vũ Văn Nhậm, cho nên lại sai Ngô Văn Sở và Phan Văn Lân làm tham tán quân vụ để chia bớt binh quyền. Đến khi Văn Nhậm lấy được Thăng Long, giết được Hữu Chỉnh rồi, có ý cậy tài và ra bộ kiêu ngạo. Ngô Văn Sở đem ý ấy viết thư về nói Vũ Văn Nhậm muốn làm phản. Nguyễn Huệ lập tức truyền lệnh kéo quân kỵ, đêm ngày đi gấp đường ra Thăng Long, nửa đêm đến nơi bắt Vũ Văn Nhậm giết đi, rồi truyền gọi các quan văn võ Nhà Lê cho vào yết kiến, đặt quan lục bộ và các quan trấn thủ, để Lê Duy Cận làm giám quốc, chủ trương việc tế lễ, dùng Ngô Thời Nhậm làm Lại Bộ Tả Thị Lang. Còn các quan Nhà Lê thì có người ở lại nhận chức, có người trốn đi, cũng có người tuẫn tiết. Ngô Thì Nhậm khuyên Nguyễn Huệ lên ngôi hoàng đế đồng thời vận động các quan lại Nhà Lê suy tôn ông cho hợp cách. Sau ba bức thư suy tôn của quần thần Nhà Lê cùng một chiếu chỉ của Nguyễn Huệ trưng cầu ý dân Bắc Hà về việc ông lên ngôi nhưng tình hình chưa thuận lợi nên Nguyễn Huệ chưa thể lên ngôi. Nguyễn Huệ sắp xếp mọi việc, để Ngô Văn Sở ở lại giữ Bắc Hà, còn mình về Phú Xuân, đem theo một số văn thần.[68][69]

Nguyên vua Lê Chiêu Thống đã mấy lần toan sự khôi phục, nhưng không được, phải nương náu ở đất Lạng Giang; còn bà Hoàng Thái Hậu thì đem hoàng tử sang Long Châu kêu than với quan Nhà Thanh - Trung Quốc, xin binh cứu viện. Bấy giờ quan tổng đốc Lưỡng Quảng là Tôn Sĩ Nghị dâng biểu tâu với vua Càn Long Nhà Thanh xin được đánh An Nam. Vua Càn Long nghe lời tâu ấy, sai Tôn Sĩ Nghị khởi quân bốn tỉnh Quảng Đông, Quảng Tây, Quý Châu, Vân Nam, đem sang đánh Tây Sơn. Tôn Sĩ Nghị chia quân ra làm 3 đạo tổng cộng khoảng 29 vạn quân, sai quan tổng binh tỉnh Vân Nam và Quý Châu đem một đạo sang mạn Tuyên Quang, sai Sầm Nghi Đống là tri phủ Điền Châu đem một đạo sang mạn Cao Bằng. Sĩ Nghị cùng với đề đốc là Hứa Thế Hanh đem một đạo sang mạn Lạng Sơn, hẹn ngày tiến binh sang đánh.[70][71][72]

Mùa đông tháng 10, năm 1788, vua Lê Chiêu Thống đem quân Nhà Thanh do Tôn Sỹ Nghị chỉ huy tiến sang Đại Việt. Tướng trấn thủ của Tây Sơn là Ngô Văn Sở quyết định lui binh, Ngô Văn Sở sau khi đem các đạo quân rút lui, tức tốc sai Nguyễn Văn Tuyết chạy trạm vào Nam cáo cấp. Một mặt chặn ngang đất Trường Yên thuộc huyện Yên Mô, tỉnh Ninh Bình làm giới hạn, đóng thuỷ quân ở hải phận Biện Sơn, quân bộ thì chia đồn đóng giữ khắp vùng núi Tam Điệp, hai mặt thuỷ bộ liên lạc với nhau, ngăn hẳn miền Nam với miền Bắc. Vì thế, việc ở bốn trấn Bắc Hà không hề thấu đến hai xứ Thanh, Nghệ.

Nguyễn Huệ đứng trước hai lựa chọn: Nam tiến hoặc Bắc tiến. Cả hai mặt trận đều khẩn cấp và cần đến ông, tuy nhiên, nếu ông quá sa vào một mặt trận thì mặt trận kia sẽ vỡ. Nguyễn Huệ nhận thức rằng quân ngoại quốc Mãn Thanh phía bắc là nguy cơ lớn hơn và gấp gáp hơn, nhưng vì tình hình nguy cấp nên ông không thể đánh địch theo chiến thuật trường kỳ như triều đại Nhà Lý, Nhà Trần trước đó đã làm để chống quân phương Bắc. Vì vậy, ông quyết định chọn cách đánh thần tốc để sớm giải quyết chiến trường ở miền Bắc. Ngay trước khi tiến quân ra Bắc, ông sai một bầy tôi tin cẩn là Diệm cầm thư của ông vào Nam dặn tướng Phạm Văn Tham cố phòng thủ chờ tiếp viện.[72]